To 2013 ορίζεται Πρόεδρος ΔΣ η Εφέτης Πειραιά, Αργυρώ Μπλέτσα-Αρναούτη, σύμφωνα με το υπ’ αριθμόν 366/ΥΟΔΔ/2013 Φύλλο Εφημερίδας Κυβερνήσεως, και αναπληρωτής ο επίσης Εφέτης Πειραιά, Γεώργιος Κόκκορης. Στη διάρκεια της θητείας της η Εταιρεία Προστασίας Ανηλίκων Πειραιά περνάει σε μια νέα εποχή, καθώς η υπηρεσία ουσιαστικά επανασυστάθηκε με την επίσημη δημιουργία των τμημάτων της Γραμματείας, του Λογιστηρίου και της Κοινωνικής Υπηρεσίας. Την περίοδο της προεδρίας της κυρίας Μπλέτσα-Αρναούτη άρχισε να παρέχεται σε σταθερή βάση υλική, κοινωνική και ψυχολογική στήριξη των ανηλίκων και των οικογενειών που τους υποδέχονταν κατά τις μέρες της προσωρινής τους αποχώρησης. Συγκεκριμένα γίνονταν διαρκείς τροφοδοτήσεις και παρεχόταν η ένδυση και η υπόδηση, γινόταν τακτικός έλεγχος των χώρων υποδοχής και εξασφαλίστηκε η συνεργασία με το προσωπικό των δημοσίων νοσοκομείων για την παροχή της κατάλληλης ιατροφαρμακευτικής περίθαλψης στα παιδιά. Παράλληλα, φροντίστηκε η ενίσχυση της εκπαίδευσης των παιδιών με την παροχή ενισχυτικής διδασκαλίας, την παρακολούθηση εκπαιδευτικών σεμιναρίων και άλλων δραστηριοτήτων. Ξεκίνησε συνεργασία με πλήθος εθελοντών εκπαιδευτικών που στήριζαν τα παιδιά σε μαθησιακό επίπεδο και άρχισε να παρακολουθείται τακτικά η σχολική επίδοση των ανηλίκων. Πέραν του μαθησιακού κομματιού δόθηκε έμφαση και στην ατομική υγιεινή και καθαριότητα μαζί με τη διατροφή. Υπήρξαν αλλαγές στην ποιότητα και στην ποσότητα των γευμάτων στη βάση προγράμματος που καταρτίστηκε από διατροφολόγους, η ποιότητα της ένδυσης και της υπόδησης ήταν άριστη με ιδιαίτερη έμφαση στην καθαριότητα και φροντίζονταν η σωματική υγιεινή των παιδιών και άλλα ζητήματα. Επιμορφωτικά σεμινάρια διεξήχθησαν και για το προσωπικό και από το 2015 διοργανώνονται σε ετήσια βάση επιστημονικές ημερίδες ποικίλων θεμάτων. Από τα σημαντικότερα έργα εκείνης της περιόδου ήταν οι σχετικές με την ψυχαγωγία των ανηλίκων δραστηριότητες εκτός των χώρων της υπηρεσίας, όπως εκδρομές μονοήμερες ή πολυήμερες, παρακολούθηση θεατρικών παραστάσεων και άλλες επισκέψεις σε πολιτιστικούς χώρους.

     Την ίδια περίοδο ξεκινάει και το μεγάλο έργο της αναμόρφωσης των κτιριακών εγκαταστάσεων με την επιδίωξη των βέλτιστων συνθηκών διαβίωσης των ανηλίκων φιλοξενούμενων και τη βέλτιστη δυνατή εσωτερική διαρρύθμιση, προκειμένου να αλλάξει αυτή η ιδρυματική μορφή του παρελθόντος. Κατά πρώτον, οι κοιτώνες και τα μπάνια των παιδιών χωρίστηκαν κατά φύλο. Εν συνεχεία, ένας παλιός αποθηκευτικός χώρος μετατράπηκε σε ένα πλήρως εξοπλισμένο ιατρείο με χώρο εξέτασης και φαρμακευτικό υλικό, ανακαινίστηκε και αντικαταστάθηκε η φθαρμένη επίπλωση, αναδομήθηκαν οι χώροι της εστίασης, των μπάνιων και των λουτρών, για την επίτευξη της ασφαλέστερης πρόσβασης και της καλύτερης υγιεινής των κοινόχρηστων χώρων, ο παλαιός οικιακός εξοπλισμός αντικατάσταθηκε από σύγχρονο και δημιουργήθηκαν περισσότερες αίθουσες γραφής και ανάγνωσης. Παράλληλα ξεκίνησε η ανάπλαση και του εξωτερικού χώρου με τοποθέτηση μπασκετών, ανάπλαση των γηπέδων κλπ. 

     Το 2015 σύμφωνα με την υπ’ αριθμόν 707/ΥΟΔΔ/2015 απόφαση ορίζεται στη θέση του αναπληρωτή προέδρου ο Ιωάννης Δουρουκλάκης, Εφέτης Πειραιά, σε αντικατάσταση του Γεωργίου Κόκκορη. Ο κύριος Δουρουκλάκης για κάποιο διάστημα εκτελούσε χρέη Προέδρου μέχρι τον ορισμό νέου διοικητικού συμβουλίου με την υπ’ αριθμόν 537/ΥΟΔΔ/2016 απόφαση. Με αυτήν την απόφαση Πρόεδρος ορίστηκε ο κύριος Νικόλαος Ποιμενίδης, Αντεισαγγελέας Εφετών Πειραιά, μέχρι την αντικατάστασή του από την κυρία Καλλιόπη Νταγιάντα, Αντεισαγγελέα Εφετών Πειραιά, με την υπ’ αριθμόν 626/ΥΟΔΔ/2018 απόφαση. Μετά τη λήξη της θητείας της κυρίας Νταγιάντα 1 χρόνο μετά το διορισμό της Πρόεδρος ορίστηκε εκ νέου με την υπ’ αριθμόν 980/ΥΟΔΔ/2019 απόφαση ο κύριος Ποιμενίδης.